当我们对价值链上每一个职能都完成了跨部门的流程优化，只是解决了每一个职能内部的流程优化问题，但价值链上各个职能之间也有着协作关系，特别是核心职能“研、产、供、销”之间有着非常紧密的协作关系，这就需要开展系统优化组织流程的第三步，即组织流程框架设计。
怎么开展组织流程框架设计呢，需要借助流程软件画流程图。例如水务公司的组织流程框架图，横轴上标明的是价值链的核心职能，包括“战略规划”、“采购供应”、“管网管理”、“供水管理”、“营销管理”“绩效监测”、“改进提升”等，纵轴上标明的各个部门，包括“财务部”、“生产部”、“营销部”、“管网部”等。这个图上可以画出每一个职能的流程，例如“管网管理流程”、“供水管理流程”等，也可以标出不同职能之间的协作关系，例如水厂制水然后输送到管网，再然后管网供水到千家万户，再然后营销部去千家万户抄表收费，等等。这个框架图的绘制过程，本身就是一个组织流程的系统优化过程。
通过以上三步，理顺价值链上各个核心职能之间的顺序关系，再优化价值链上每一个职能的跨部门流程，再进一步优化价值链上不同职能之间的协作关系，就完成了组织流程的系统优化。
也许有人会问，这个系统优化有什么实际意义呢？有四个方面的意义：
首先，理顺了各个部门的协作关系，可以用于优化组织结构；
第二，可以为系统优化流程制度体系提供一个符合企业特色的框架；
第三，可以为战略目标做流程分解；第四，可以用于信息系统规划。
